影、ふたたび！伊賀の服部半蔵の血を受け継いだ柘植新八（千葉真一）をはじめとする【影の軍団】は、悪政による弊害から人々を守るために、今、“光”となる。美里はもはや、女になってしまった。ただの女にな……。旗本・小普請組の内藤兵馬たちは、闇将軍・大岡忠光の命を狙っていた。しかし、計画を察知した椎名組に襲われてしまう。一人逃げのびた兵馬だったが、狩猟中だった新八に「妙慶寺……」とだけ言い残して絶命した。新八は早速、鶴三とお朱鷺に命じて寺を探らせる。そのころ、椎名組の頭領・椎名美里はかつての部下で、今は病の床にある左源太を訪ねた。実は美里の父・椎名宗源を殺したのは左源太で、それを命じたのは大岡忠光――。

金田一耕助が調査を依頼されたのは、ブラジルのコーヒー王の養女・鮎川マリの母・君江だった。果たして彼女こそが２３年前杢衛の次男・英二を殺して逃亡した真犯人なのか？信州の射水で対立する二つの旧家、矢部家と玉造家。その間で矢部慎一郎と玉造朋子は秘かに愛を育んでいたが、ある日事情を知って怒った矢部の父・杢衛は、朋子を捕えるために慎一郎の弟・英二を差し向けたが、鍾乳洞の中で何者かに殺されてしまう。そして朋子は底なしの洞へ姿を消した……。それから２３年、一人の女が娘を伴い、村へ現れた。それが朋子ではないかと疑った杢衛は、金田一耕助に調査を依頼する。黒い魔の手が、次いで峰子の上にも。犯人の動機は怨恨か、復讐か。三代に渡る矢部・玉造両家の確執の謎が、朋子をめぐる重い真実がいま、金田一耕助によって明らかにされる。

影、ふたたび！伊賀の服部半蔵の血を受け継いだ柘植新八（千葉真一）をはじめとする【影の軍団】は、悪政による弊害から人々を守るために、今、“光”となる。なぜわたしの心に火をつけた……！伊賀者狩りが続いていた。狩られた者たちは、己の正体を隠し市井に紛れていた者ばかり。不審に思った新八が戸隠の里で暮らす伊賀の重鎮・逆井蘭堂を訪ねると、裏切り者の存在を示唆するのだった。江戸への帰り道、新八は椎名組の頭領・椎名美里と一線を交えるが、美里が怪我を負い手当てをする。負けた屈辱に加え、新八への複雑な感情の芽生えに気づき、美里は苦悩する。だが、幻斎は、美里の父を手にかけたのは新八だと言う。

影、ふたたび！伊賀の服部半蔵の血を受け継いだ柘植新八（千葉真一）をはじめとする【影の軍団】は、悪政による弊害から人々を守るために、今、“光”となる。あいつ……これ渡してくれって。駿府城で幽霊騒ぎが起こっていた。駿府城の天守番頭・竹村庄左衛門は、かつての城主・徳川忠長が殺した幾人かの女の怨霊が出たのではないかと言う。この噂を聞いた平賀源内は新八に、今回の幽霊騒ぎは、大岡忠光が反大岡派である駿府城代・石川長門守を失脚させるために仕組んでいるのではないかと告げた。そうだとすれば、忠光配下の二十六人衆の一人も陰謀に関わっているに違いない。新八は鶴三を駿府に行かせることにした。

岡山県・鬼首村にて次々と起こる奇怪な連続殺人事件。いずれの事件も、村に古くから伝わる手毬歌に見立てられていた！？今宵もまた新たな犠牲者が…。岡山県の鬼首村を訪れた金田一耕助は滞在先の亀の湯で知り合った多々良放庵から２０年前にこの村で殺人事件があったことを聞かされる。被害者は亀の湯の女将・青池リカの夫・源治郎で、加害者は詐欺師の恩田幾三と断定されたが、事件後行方不明のままであった。やがて金田一は、放庵の元妻・栗林りんを名乗る老婆と峠で行き交うが、その後、放庵は謎の失踪を遂げてしまう。そして村では凄惨な連続殺人事件が始まるのだった…。由良泰子、仁礼文子の奇妙な死に様に隠された手毬唄の謎。 ２０年前の殺人事件との関連を求めて耕助は神戸へと。 その耕助の推理を裏切って、殺されたのは意外にも亀の湯の娘・里子であった。

影、ふたたび！伊賀の服部半蔵の血を受け継いだ柘植新八（千葉真一）をはじめとする【影の軍団】は、悪政による弊害から人々を守るために、今、“光”となる。ひとりの娘と母を犠牲にして、何の政か！高名な呉服問屋・丸定屋の一族が、謎の尼僧軍団により皆殺しに。次いで、海産物問屋も襲撃に遭う。事件の背後に大岡がいるのは間違いなかった。大岡は己の権勢のため、自分に献金する商人に便宜を図り、拒む商人は刺客を使い手にかけていたのだ。次なるターゲットは、女主人・おせいの呉服問屋・松屋。しかし、刺客の千草は、おせいが自分の生みの親とは知らない。そして、丸定屋の二代目主人助左衛門とおせいはかつて夫婦だった。

影、ふたたび！伊賀の服部半蔵の血を受け継いだ柘植新八（千葉真一）をはじめとする【影の軍団】は、悪政による弊害から人々を守るために、今、“光”となる。お前だけには、忍者の世界を知らせたくなかったのに……！今や抜け忍となった盲目の椎名美里は、かつての仲間から命を狙われていた。黒岩幻斎が率いる暗殺団の一人・水上清四郎は美里を斬ろうとするが、あまりに哀れな姿に一瞬迷いが生じる。その刹那、馬に乗ってやって来た新八が美里の命を救う。同じ頃、新八の妹・お良が「やまびこ」を訪ね、自分を伊賀組に入れてほしいと新八に懇願する。しかし、妹に平凡で幸せな一生を送ってほしいと願う新八が、願いを聞き入れることはなかった。

影、ふたたび！伊賀の服部半蔵の血を受け継いだ柘植新八（千葉真一）をはじめとする【影の軍団】は、悪政による弊害から人々を守るために、今、“光”となる。二百年の屈辱を晴らすときが……ついに来た！西日本で流行した奇病が、江戸にも蔓延し始めていた。三日のうちにコロリと死んでしまうことから、この奇病は「三日コロリ」と言われた。そんな騒動の中、北町奉行所の役人たちが、コロリの予防薬と称する薬を飲まされて死亡する事件が発生する。辛くも生き延びたのは、筆頭与力の能勢甚四郎ただ一人であった。能勢を甲斐甲斐しく看病しているのは恋仲のお染。能勢は、犯人の目的は自分を殺すことだったのではないかと推理する。

影、ふたたび！伊賀の服部半蔵の血を受け継いだ柘植新八（千葉真一）をはじめとする【影の軍団】は、悪政による弊害から人々を守るために、今、“光”となる。俺たち忍びに墓はないんだ。弔いは自分の心の中で済ませておけ……！伊賀のくノ一で、女郎に身を落としていたお芳が殺された。頭領・柘植新八の所在を聞かれたが、敵に教えなかったために命を奪われたお芳の亡骸は、烏ケ森の樹の上に見せしめとして吊るされていた。新八は、これを罠だと察知し、軍団員たちに森へ行かないように命令するが、竜吉が行ってしまう。これによって、敵は新八の居場所が「やまびこ」もしくはその付近であると知ったにちがいない――。新八たちが敵の急襲に備える中……。

影、ふたたび！伊賀の服部半蔵の血を受け継いだ柘植新八（千葉真一）をはじめとする【影の軍団】は、悪政による弊害から人々を守るために、今、“光”となる。お願い、教えて！ 姉さんが、どうして成仏できずにいるのか……！！深川の芸者・君香が死罪となった。君香の罪は、油問屋・三崎屋の主人を殺害したこと。三崎屋は君香に惚れ込んだが、君香には源四郎という好きな男がいた。三崎屋が源四郎を殺したので、その復讐で犯行に及んだというのだ。刑に処される瞬間も、君香の心は穏やかだった。しかし、その目がある男の姿を捉えたとき、君香は刑の執行を止めるよう懇願する。だがその願いが聞き入れられることはなかった。君香は誰の姿を見たのか？